Pentru mulți dintre cei formați în terapia schemelor este neclar cum să lucreze în același timp cu modurile și schemele. Această confuzie îi face pe mulți să aleagă să lucreze prioritar fie cu schemele (adepții teoriei originale a lui Jeffrey Young) fie cu modurile (adepții abordării moderne centrată pe moduri condusă de școala olandeza și susținută de multiplelel cercetări ale lui Arnoud Arntz).